Mucho antes de la colonización española, San Juan fue habitado por los xiximes, grupo étnico prehispánico, que según registros históricos eran de las etnias más bélicas y salvajes de la región.

San Juan fue refundado en 1633 por misioneros jesuitas al mando del padre Diego González de Cueto, en sus viajes de exploración en busca de minerales por la sierra madre occidental.

Este pueblo tiene una belleza arquitectónica única, incrustado en la montaña de la sierra madre occidental, con una hermosa vegetación y cruzado por un arroyo cristalino que invita a zambullirse en las tardes calurosas del verano.

Sus pobladores tienen un gran espíritu festivo, son grandes amantes de la música y desbordan amabilidad. Si usted se encuentra por ahí en la festividad de San Juan Evangelista no deje de visitar su tradicional peregrinación, seguida de una fiesta popular que embarga el ánimo de todos.